Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,294,892 G→A L285L (CTG→TTG)  ccmH ← heme lyase, CcmH subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,294,8920GA100.0% 426.3 / NA 153L285L (CTG→TTG) ccmHheme lyase, CcmH subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/153);  total (0/153)

Only 100 of 153 total aligned reads displayed.

CGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTT  >  W3110S.gb/2294845‑2294906
                                               |              
tgCATACATGCTTAACTCACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:281563/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:591607/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:622117/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:567568/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:550734/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:53705/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:527053/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:523244/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:507492/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:479664/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:464398/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:461079/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:445359/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:440191/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:431431/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:420435/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:392692/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:344571/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:339066/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:332634/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:332009/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:320600/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:31525/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:100359/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:282342/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:796458/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:990786/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:970290/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:955797/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:942211/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:911656/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:888207/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:88051/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:861948/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:836808/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:835721/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:828918/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:303923/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:782602/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:77839/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:744597/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:724981/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:722045/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:702935/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:701636/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:684329/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:665328/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:655657/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:622275/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1181178/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1364117/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1320485/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:131126/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1308234/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1267470/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1265877/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1261268/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1259594/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:125884/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1200959/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1198018/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1333252/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1173081/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1161281/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1142956/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1135994/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1133099/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:11134/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1068087/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1064228/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1050579/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1038282/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:183879/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:256868/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:249362/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:246924/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:23373/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:229061/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:19662/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:19530/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:192270/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:188794/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1367981/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:17854/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1458552/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1450917/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1445/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1436878/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1434188/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1422556/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1417218/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1395286/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1387179/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTCGCGCAGCAGtt  <  1:258918/61‑1 (MQ=255)
tgCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGATCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:42284/61‑1 (MQ=255)
 gCATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:107406/61‑1 (MQ=255)
  cATACATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:365765/60‑1 (MQ=255)
      cATGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:654930/56‑1 (MQ=37)
       aTGCTTAACACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:1229193/55‑1 (MQ=37)
             aacacaCGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAACTGGCGCAGCAGtt  <  1:973652/47‑1 (MQ=37)
                                               |              
CGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTT  >  W3110S.gb/2294845‑2294906

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A