Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,345,923 T→C M973V (ATG→GTG)  yfaL ← adhesin

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,345,9230TC100.0% 314.6 / NA 110M973V (ATG→GTG) yfaLadhesin
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (110/0);  total (110/0)

Only 100 of 110 total aligned reads displayed.

CGCTCCATCATAAACGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAGATAACCGCCAACTTTGGC  >  W3110S.gb/2345913‑2345974
          |                                                   
cgcgCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:107964/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACATATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:840415/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACGAACTTTGGc  >  1:438106/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACt       >  1:910496/1‑57 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTgg   >  1:59622/1‑61 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:478163/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:640374/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:638587/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:623360/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:62226/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:606655/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:588543/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:586889/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:536766/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:529985/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:514457/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:488247/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:479328/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:666737/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:465645/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:444703/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:444677/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:434396/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:431099/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:429028/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:420956/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:405520/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:814115/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:97229/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:924051/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:888646/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:885085/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:867865/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:865313/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:861030/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:849201/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:828484/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:827228/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:819538/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:644733/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:812918/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:810440/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:787512/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:786661/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:766780/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:759258/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:734282/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:705062/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:690181/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:40211/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:652267/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1200817/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1363526/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1353393/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1314661/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1312058/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1289464/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1279852/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1261642/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1257165/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1229071/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1225623/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:120381/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1366957/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1198167/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1181283/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1163825/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1159230/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1140869/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1128399/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1117455/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1097048/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1087730/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1068209/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1048149/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:254599/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:381718/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:357120/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:350122/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:343834/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:337953/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:336640/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:329025/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:325129/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:319890/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:295572/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:286107/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:267853/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1036603/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:253772/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:246386/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:218202/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:204520/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:201451/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:182184/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1442233/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1426678/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1419055/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTGGc  >  1:1408133/1‑62 (MQ=255)
cGCTCCATCACAAATGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAAATATCCACCAACTTTCGc  >  1:1298286/1‑62 (MQ=255)
          |                                                   
CGCTCCATCATAAACGCCTGATTTGCCGCCCGCAGGTTATTAAGATAACCGCCAACTTTGGC  >  W3110S.gb/2345913‑2345974

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A