Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,386,796 A→G P173P (CCA→CCG)  elaC → binuclear zinc phosphodiesterase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,386,7960AG100.0% 205.9 / NA 73P173P (CCA→CCG) elaCbinuclear zinc phosphodiesterase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/73);  total (0/73)

TTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAA  >  W3110S.gb/2386752‑2386814
                                            |                  
ttAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaa   <  1:59582/62‑1 (MQ=255)
 tataTGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:681170/59‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGTCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:661397/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAGGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1327435/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:504472/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:599246/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:567200/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:527764/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:518178/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:513730/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:61277/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:504333/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:483728/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:475694/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:464754/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:458507/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:391757/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:386452/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:379478/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:353290/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:798985/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:999074/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:917576/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:89966/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:877838/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:847979/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:840200/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:828853/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:801409/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:610091/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:794393/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:757498/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:729103/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:711125/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:687652/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:684416/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:329136/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1117622/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1256865/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1253489/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:122663/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1221920/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1201528/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1191763/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1188467/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1118141/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1277688/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1088095/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:108402/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1072287/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:104561/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1045238/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1037851/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1029221/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1010878/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1449807/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1006042/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:320247/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:288074/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:246860/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:200812/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:145763/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1450622/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:347559/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1442801/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1399842/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1355160/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1354440/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1340761/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1293145/62‑1 (MQ=255)
 tAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1290355/62‑1 (MQ=255)
  aaaTGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTTGCGTGCCGCCTGGCCCGCGGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:167613/61‑1 (MQ=38)
  aaaTGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCGCTGTTTCAGGAATTaaaa  <  1:1310236/61‑1 (MQ=255)
                                            |                  
TTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAA  >  W3110S.gb/2386752‑2386814

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A