Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I2 R1
|
721 |
0.0 |
1472758 |
54.8% |
807071 |
56.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,421,701 |
G→A |
Q503Q (CAG→CAA) |
pta → |
phosphate acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,421,701 | 0 | G | A | 100.0%
| 219.6
/ NA
| 80 | Q503Q (CAG→CAA) | pta | phosphate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (0/80); total (0/80) |
GCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGAT > W3110S.gb/2421652‑2421713
|
gcgAACAGCTGGAAGGCAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1444332/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGaa < 1:217287/62‑2 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:553163/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:568723/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:537827/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:517381/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:514469/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:476898/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:463045/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:454024/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:436472/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:288238/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:278978/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:271534/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:255823/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:193738/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:168259/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:155564/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1465794/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1446600/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:845064/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:992327/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:952143/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:930517/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:920697/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:898250/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:894176/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:880802/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:868860/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:855449/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1056383/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:843578/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:760612/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:737377/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:614238/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:611236/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:610801/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:609435/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:574082/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1159579/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1443116/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1215825/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1192286/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1190400/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1189712/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1183734/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1183040/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1177907/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1173086/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1231992/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1156785/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1141954/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1117938/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1117693/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1104688/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1098094/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1074097/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1052328/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1262862/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1411745/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1411575/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1378683/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1365602/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1345920/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1344705/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:132901/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1326567/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1321279/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1304128/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1298751/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1295976/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1288445/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGAAGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1269546/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTCATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:129027/62‑1 (MQ=255)
gcgAACAGATGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:711683/62‑1 (MQ=255)
cgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:194132/61‑1 (MQ=255)
cgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:898701/61‑1 (MQ=255)
cgAACAGCTGGAAGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1451589/61‑1 (MQ=255)
aaGACAACGTGGTTCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:120509/50‑1 (MQ=39)
tCGGTACGCTGATGCTGGAACAAGATGAAGTTGAt < 1:1240822/35‑1 (MQ=255)
|
GCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGAT > W3110S.gb/2421652‑2421713
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
