Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,534,000 A→C A541A (GCT→GCG)  ligA ← DNA ligase, NAD(+)‑dependent

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,534,0000AC100.0% 259.7 / NA 92A541A (GCT→GCG) ligADNA ligase, NAD(+)‑dependent
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base C (92/0);  total (92/0)

CACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGAAGCGGCTTCCAGC  >  W3110S.gb/2533976‑2534012
                        |            
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttcccgc  >  1:962560/1‑37 (MQ=38)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:591467/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:739682/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:718122/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:706818/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:706180/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:697907/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:678407/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:676927/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:647120/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:628151/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:624429/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:592795/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:778668/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:581504/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:565477/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:555697/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:53778/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:500264/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:479494/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:425131/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:421949/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:411909/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:411104/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:91058/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:992204/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:990947/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:988801/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:977423/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:972118/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:968296/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:954103/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:937266/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:928973/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:913857/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:391074/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:897399/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:895480/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:891601/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:87905/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:874342/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:860764/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:853732/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:831621/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:830909/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:802854/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1184877/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1031427/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1326461/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1309435/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1283302/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1277061/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1256488/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1238888/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1229652/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1202467/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1189844/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1358908/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1179820/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:117372/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1101827/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1100653/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1084272/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1083154/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1066232/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1050602/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1037640/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1033036/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:217962/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:385027/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:357417/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:331817/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:326356/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:31548/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:276167/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:261630/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:229096/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1364889/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:212182/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:190905/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:155132/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:148504/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1468292/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1420143/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1416437/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1406335/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1398457/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:138729/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:13751/1‑37 (MQ=255)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccaga  >  1:282634/1‑36 (MQ=38)
cACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttcca    >  1:1038486/1‑35 (MQ=255)
cACCTTATGCAGCTCTTCAATCGACGCGgcttccagc  >  1:1104008/1‑37 (MQ=38)
                        |            
CACCTTTTGCAGCTCTTCAATCGAAGCGGCTTCCAGC  >  W3110S.gb/2533976‑2534012

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A