Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,844,009 A→G T373T (ACT→ACC)  hycE ← hydrogenase 3, large subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,844,0090AG100.0% 270.0 / NA 95T373T (ACT→ACC) hycEhydrogenase 3, large subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/95);  total (0/95)

ACTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACAGTGCGCTG  >  W3110S.gb/2843964‑2844017
                                             |        
aCTGATGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1008029/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGATCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:898927/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCATACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1310819/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:569744/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:713822/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:702435/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:663287/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:637648/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:630312/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:624734/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:611402/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:59929/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:733550/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:544160/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:481457/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:471054/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:470083/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:468910/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:437546/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:425285/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:421293/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:420393/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:909988/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:99598/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:987782/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:98177/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:963378/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:958083/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:951296/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:95024/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:943787/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:918710/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:733028/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:899403/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:896076/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:890005/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:882803/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:872447/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:827975/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:774372/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:752326/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:440447/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1262785/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1421176/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1415089/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1414626/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1380090/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:417534/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1357290/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1299741/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1282699/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1267015/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1363462/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1224571/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1223041/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1214241/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1195646/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1191653/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:115356/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1153106/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1129398/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1108592/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:370338/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:299616/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:296308/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:289131/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:286598/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:311272/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:348783/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:360463/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:236244/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:37441/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:392904/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:21731/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1456150/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1455754/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGGCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1156924/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGGCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:406060/54‑1 (MQ=255)
aCTGAAGGCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1451111/54‑1 (MQ=255)
 cTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:806610/53‑1 (MQ=255)
 cTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:987968/53‑1 (MQ=255)
     tgTCGGGAGAGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:991273/48‑1 (MQ=255)
       tCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1189554/47‑1 (MQ=255)
         gcgagcgaTTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:257740/45‑1 (MQ=255)
         gcgagcgaTTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:638823/45‑1 (MQ=255)
           gagcgaTTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:799382/43‑1 (MQ=38)
            agcgaTTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:466261/42‑1 (MQ=38)
            agcgaTTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:744432/42‑1 (MQ=38)
             gcgaTTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:613527/41‑1 (MQ=38)
               gaTTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:810793/39‑1 (MQ=38)
               gaTTTCCGGGGCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:920007/39‑1 (MQ=37)
                aTTTCAGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:846637/38‑1 (MQ=25)
                 tttCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1192737/37‑1 (MQ=38)
                 tttCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:1183160/37‑1 (MQ=38)
                  ttCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACGGTGCGTTg  <  1:896171/36‑1 (MQ=37)
                                             |        
ACTGAAGTCGCGAGCGATTTCCGGGTCCAGACGACCAATGCCGACAGTGCGCTG  >  W3110S.gb/2843964‑2844017

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A