Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,907,906 T→G V139V (GTA→GTC)  pyrG ← CTP synthetase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,907,9060TG100.0% 411.1 / NA 144V139V (GTA→GTC) pyrGCTP synthetase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (0/144);  total (0/144)

Only 100 of 144 total aligned reads displayed.

GTACCGCCGATTTCTACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCACCTTCCAGCACGCGCTCTT  >  W3110S.gb/2907892‑2907952
              |                                              
gTACGGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1044561/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCTGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:266203/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACTCGCTCtt  <  1:316823/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:456099/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:601483/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:595019/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:579253/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:570371/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:551453/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:549390/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:538216/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:533378/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:495912/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:476218/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:473609/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:465749/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:643053/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:417972/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:399651/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:377022/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:350009/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:328924/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:303441/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:266312/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1002741/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:803916/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:977942/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:974252/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:950188/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:932860/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:88711/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:88670/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:885081/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:884163/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:849679/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:834504/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:824183/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:623068/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:799867/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:797871/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:789236/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:775251/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:772875/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:754488/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:74628/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:72329/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:715836/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:64472/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:250048/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:119129/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:238573/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1329732/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1327889/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1327584/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1315951/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1301120/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:12972/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1255702/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1241354/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1237826/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1226553/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1211786/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1330885/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1181591/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1151763/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1144062/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1135095/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1129158/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1125120/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1108164/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:10968/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:105839/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:105760/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1023844/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:151610/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:234382/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:225357/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:224917/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:211070/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:188124/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:183083/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:164602/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:164208/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:161595/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:135060/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1467527/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1444603/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1438559/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1417601/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1403010/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1399095/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1383059/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1379099/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:135871/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:1353362/61‑1 (MQ=255)
gTACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCCCTCtt  <  1:1316651/61‑1 (MQ=255)
 tACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:432507/60‑1 (MQ=255)
 tACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:158797/60‑1 (MQ=255)
 tACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:773321/60‑1 (MQ=255)
 tACCGCCGATTTCGACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCGCCTTCCAGCACGCGCTCtt  <  1:333190/60‑1 (MQ=255)
              |                                              
GTACCGCCGATTTCTACCAGTACTACGTCATGACCTTCGCCACCTTCCAGCACGCGCTCTT  >  W3110S.gb/2907892‑2907952

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A