Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,228,833 A→G Q430Q (CAA→CAG)  ygjK → predicted glycosyl hydrolase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,228,8330AG100.0% 384.2 / NA 133Q430Q (CAA→CAG) ygjKpredicted glycosyl hydrolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (133/0);  total (133/0)

Only 100 of 133 total aligned reads displayed.

CCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTATAACGTCACCCAAGATAAAACC  >  W3110S.gb/3228781‑3228842
                                                    |         
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATaaacc   >  1:346832/1‑59 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATa       >  1:509169/1‑57 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAccc  >  1:616065/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:726965/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:731064/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:726903/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:697280/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:69187/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:64315/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:633068/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:612960/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:599077/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:59609/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:572359/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:542638/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:49589/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:493426/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:485418/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:460986/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:438819/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:412885/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:412484/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:38037/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:380332/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1008408/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:860227/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:979834/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:975259/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:972698/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:947602/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:942987/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:942244/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:902617/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:888552/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:883039/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:870609/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:868848/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:86166/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:345184/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:857109/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:854512/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:832427/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:828765/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:811009/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:806085/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:80155/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:786419/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:756390/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:756123/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:740365/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1184092/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:34451/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1354025/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1303820/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:129704/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1274502/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:127035/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1263219/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1224619/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1218958/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1194622/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1188432/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1381314/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1180532/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1167452/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1155671/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1111702/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1094650/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:108460/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1052852/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1040820/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1037421/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1025158/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1015158/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:210232/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:320046/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:312133/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:309292/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:280159/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:272036/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:233153/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:22036/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:213645/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1386700/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:203953/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:198082/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:195994/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:191202/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:173339/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:150179/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1471370/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1466582/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1436967/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1421143/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1411522/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1396637/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAc   >  1:297988/1‑61 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGAAAAAAcc  >  1:391055/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGCATAAAAcc  >  1:1021100/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTAACCCAGGATAAAAcc  >  1:1174467/1‑62 (MQ=255)
                                                    |         
CCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTATAACGTCACCCAAGATAAAACC  >  W3110S.gb/3228781‑3228842

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A