Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,439,206 A→G S191S (TCT→TCC)  nudC ← NADH pyrophosphatase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,439,2060AG100.0% 190.2 / NA 67S191S (TCT→TCC) nudCNADH pyrophosphatase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (67/0);  total (67/0)

GGCCACGGCTGAGAAGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAC  >  W3110S.gb/3439195‑3439256
           |                                                  
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGctctct          >  1:1260963/1‑54 (MQ=38)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCa   >  1:419396/1‑61 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCa   >  1:376852/1‑61 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCa   >  1:519165/1‑61 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:613422/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:737207/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:726739/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:722137/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:703653/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:664189/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:644769/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:639185/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:759352/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:613172/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:611699/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:466034/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:464889/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:444642/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:842881/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1011431/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:934077/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:9328/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:931957/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:910362/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:85169/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:849962/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:843136/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:743100/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:833587/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:798427/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:797928/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:793460/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:792400/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:786352/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:961259/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1426646/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:101500/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1026171/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1065343/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1081443/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1090711/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1105246/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1115654/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1119793/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1125435/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1245908/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1253754/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:130549/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1334359/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1360543/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1406034/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:428811/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:1438282/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:153401/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:227918/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:234315/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:249262/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:252679/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:254877/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:255080/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:269043/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:298273/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:333358/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:347258/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:349804/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAc  >  1:377194/1‑62 (MQ=255)
ggCCACGGTTGGGAGGTCACGTAACGCAAGATTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATc    >  1:673903/1‑60 (MQ=255)
           |                                                  
GGCCACGGCTGAGAAGTCACGTAACGCAAGTTTTTAACTTTAATTCCGCTCTCTTCCATCAC  >  W3110S.gb/3439195‑3439256

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A