Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,442,683 C→T N69N (AAC→AAT)  thiE → thiamin phosphate synthase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,442,6830CT98.8% 233.2 / NA 86N69N (AAC→AAT) thiEthiamin phosphate synthase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base T (85/0);  minor base A (1/0);  total (86/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GGCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATCAACGATTACTGGCGGCTGGCGATCAAGCATCA  >  W3110S.gb/3442651‑3442712
                                |                             
ggCCGCCGCTATAACGTGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:935281/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTa                          >  1:201180/1‑38 (MQ=37)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTggcgac                  >  1:1279300/1‑44 (MQ=38)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTg                       >  1:1022894/1‑41 (MQ=38)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTg                       >  1:336508/1‑41 (MQ=38)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAGGCATc   >  1:828264/1‑61 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCAt    >  1:1208048/1‑60 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATc   >  1:1199928/1‑61 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATc   >  1:765394/1‑61 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATc   >  1:1394969/1‑61 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:466535/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:453099/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:44929/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:454501/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:439106/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:404316/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:456054/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:570398/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:384174/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:376301/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:351187/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:334446/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:304661/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:292519/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:272834/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:260126/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:813651/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:980401/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:975324/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:973635/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:93802/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:8608/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:856204/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:855500/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:849481/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:832705/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:485024/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:810536/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:756510/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:755765/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:743855/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:636245/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:583457/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:218786/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:536790/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:511406/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1221684/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:248142/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1299105/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1299100/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1294400/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1283329/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1269762/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1262256/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1246983/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1241195/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1304084/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1193755/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1151303/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:112910/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1118425/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1112532/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1110030/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1090360/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:106950/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1428316/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:224543/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:199082/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:186962/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:185506/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:166201/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:165636/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:162192/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1447653/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1446009/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1304404/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1386907/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1382400/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:136882/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1341677/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1330827/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1321757/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1317408/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAATGATTACTGGAGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1269167/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATTAAAGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:1434347/1‑62 (MQ=255)
ggCCGCCGCTATAACGCGAGATTGTTTATTAATGATTACTGGCGACTGGCGATCAAGCATCa  >  1:594665/1‑62 (MQ=255)
                                |                             
GGCCGCCGCTATAACGCGCGATTGTTTATCAACGATTACTGGCGGCTGGCGATCAAGCATCA  >  W3110S.gb/3442651‑3442712

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A