Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,447,522 A→G G1270G (GGT→GGC)  rpoC ← RNA polymerase, beta prime subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,447,5220AG100.0% 424.5 / NA 147G1270G (GGT→GGC) rpoCRNA polymerase, beta prime subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (147/0);  total (147/0)

Only 100 of 147 total aligned reads displayed.

CTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAAC  >  W3110S.gb/3447503‑3447563
                   |                                         
cTTCCAGGAAGTCTGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:922324/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCGGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1332682/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACgc                >  1:962997/1‑47 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACg                 >  1:722964/1‑46 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:446136/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:613666/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:571562/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:567071/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:564598/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:552356/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:515661/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:511074/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:490796/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:476776/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:472779/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:463739/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:679884/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:438548/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:432982/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:417806/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:385860/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:377418/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:368504/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:3677/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:355400/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:351410/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:341799/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:841266/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:978303/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:977792/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:968708/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:954350/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:951169/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:930820/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:907705/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:902576/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:882890/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:877760/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:853216/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:637289/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:812815/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:777323/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:768679/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:754329/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:751817/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:747280/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:742734/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:703925/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:688364/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:315974/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:642287/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1180944/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1011902/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1289838/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1242036/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1240204/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1239949/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1229997/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1219043/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1192326/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1188621/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1184223/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1181818/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1302257/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1150911/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1149676/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1122248/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:11166/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1081696/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1078686/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1073065/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1032898/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1030786/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1017986/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:10166/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1432712/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:293737/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:282732/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:272098/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:266163/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:263004/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:227879/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:226124/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:163890/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:148240/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1465801/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1437328/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1313109/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1429234/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:141288/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:140418/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1390096/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1389090/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:137165/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1352475/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1314044/1‑61 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaaa  >  1:1261898/1‑60 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacgaa   >  1:1338589/1‑60 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGacga    >  1:106475/1‑59 (MQ=255)
cTTCCAGGAAGTCGGAGCTGCCCGCGTTAACGATGGTAGCCTTACGCAGCATCTGacgaac  >  1:1368857/1‑61 (MQ=255)
                   |                                         
CTTCCAGGAAGTCGGAGCTACCCGCGTTAACGATGGTAGCTTTACGCAGCATCTGACGAAC  >  W3110S.gb/3447503‑3447563

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A