Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,528,605 T→G G175G (GGA→GGC)  pfkA ← 6‑phosphofructokinase I

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,528,6050TG84.6% 378.5 / 45.1 156G175G (GGA→GGC) pfkA6‑phosphofructokinase I
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/24);  new base G (132/0);  total (132/24)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.29e-29
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01

Only 100 of 156 total aligned reads displayed.

ACAGCCACCGGCAATGGCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCATCACTTCC  >  W3110S.gb/3528569‑3528629
                                    |                        
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCcaca                     >  1:82080/1‑42 (MQ=25)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACgg              >  1:541664/1‑49 (MQ=37)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACgg              >  1:1333818/1‑49 (MQ=37)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACg               >  1:1448923/1‑48 (MQ=37)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGcc            >  1:213873/1‑51 (MQ=37)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATc        >  1:229680/1‑55 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCa       >  1:609721/1‑56 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCCCTTcc  >  1:314135/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:394801/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:287124/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:532264/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:521779/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:265252/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:498509/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:433801/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:430005/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:41670/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:392882/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:383937/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:557289/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:36915/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:336789/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:27702/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:335981/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:317958/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:784224/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1006171/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:96027/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:950324/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:941673/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:897969/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:860611/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:83470/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:828399/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:794832/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:78964/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:982239/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:779670/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:763908/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:750093/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:725631/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:664925/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:638127/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:628650/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:616976/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:597175/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1130010/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1367553/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1327039/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1281593/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1280031/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1277149/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1274679/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:126843/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1266188/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1264922/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1323269/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1251103/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1153400/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1246403/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1230018/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1228135/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:121498/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1207105/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1178082/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1171746/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1437672/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:224557/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:219891/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:187754/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:185034/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:174691/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:149158/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1448512/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1401276/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1067487/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:1096318/1‑61 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTc   >  1:406227/1‑60 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTc   >  1:14083/1‑60 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTc   >  1:70621/1‑60 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTc   >  1:733543/1‑60 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTc   >  1:1305952/1‑60 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTc   >  1:199757/1‑60 (MQ=38)
acaGCCGCCGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTc   >  1:444459/1‑60 (MQ=38)
acaGCCGACGGCAATAGCCGCAGCCAACGTCAGATCGCCACAATAACGGCCCATCACTTcc  >  1:575281/1‑61 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:1054677/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:1103653/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:911004/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:962172/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:1010273/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:1162510/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:732199/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:668897/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:460389/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:438477/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:1377578/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:1382217/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:293796/39‑1 (MQ=255)
               ggCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:223267/39‑1 (MQ=255)
               ggCCACAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCAt         <  1:409524/39‑1 (MQ=255)
                                    |                        
ACAGCCACCGGCAATGGCCGCAGCCAACGTCAGATCTCCACAATAACGGCCCATCACTTCC  >  W3110S.gb/3528569‑3528629

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A