Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,627,146 C→T Q122Q (CAG→CAA)  pldB ← lysophospholipase L(2)

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,627,1460CT99.3% 375.4 / ‑6.0 136Q122Q (CAG→CAA) pldBlysophospholipase L(2)
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base T (135/0);  minor base G (1/0);  total (136/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 136 total aligned reads displayed.

CGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGCTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAT  >  W3110S.gb/3627120‑3627180
                          |                                  
cGCCACGGACCGGGCTGATCCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATc    >  1:264180/1‑59 (MQ=39)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAAtaa   >  1:1291401/1‑58 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCa   >  1:248763/1‑60 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCa   >  1:551050/1‑60 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:402451/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:599901/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:595388/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:588873/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:5553/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:545423/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:537405/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:526775/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:504579/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:488433/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:413029/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:612602/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:395163/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:390984/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:369752/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:357377/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:354373/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:342503/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:341235/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:338589/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:319467/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:316855/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:775435/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:983513/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:956212/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:951420/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:951122/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:926637/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:909237/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:904938/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:872633/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:85968/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:853525/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:830864/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:795157/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:610427/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:762/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:754142/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:74034/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:734895/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:710892/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:678972/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:677235/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:658382/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:628430/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:628012/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:313299/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1195835/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:100303/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1285864/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1284013/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:128175/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1269500/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1260349/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1252100/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1248511/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1247975/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1243254/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1230185/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1299848/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1165964/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1154019/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1129773/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1100055/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1073966/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1071293/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:104419/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1041961/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1041048/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1033063/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1029206/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1417916/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:284870/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:254088/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:248303/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:23381/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:220356/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:219597/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:208403/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:19052/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:187643/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:179706/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1433106/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1311527/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1414205/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1406765/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1392634/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1377245/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1361505/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1359980/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1356102/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1349907/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1327651/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAt  >  1:1326698/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGTTGCCAGAATGCCGCCAAATCATCAACATAATCAt  >  1:885991/1‑61 (MQ=255)
cGCCACGGACCGGGCAGAACATACTGTTGCCAGac                            >  1:738822/1‑34 (MQ=16)
                          |                                  
CGCCACGGACCGGGCTGAACCTCCTGCTGCCAGAATGCCGCCAGATCATCAACATAATCAT  >  W3110S.gb/3627120‑3627180

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A