Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,629,114 T→C E568E (GAA→GAG)  recQ ← ATP‑dependent DNA helicase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,629,1140TC100.0% 250.1 / NA 88E568E (GAA→GAG) recQATP‑dependent DNA helicase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (88/0);  total (88/0)

CGCTGGCGGTGATCGGCATCTGTTCAGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACG  >  W3110S.gb/3629092‑3629153
                      |                                       
cccTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:660553/3‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTTATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAAcaccac   >  1:847380/1‑61 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGTTCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGcgtc               >  1:965989/1‑49 (MQ=38)
cGCTGGCGGTGATCGTCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1028362/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGcgtcg              >  1:1417925/1‑50 (MQ=39)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAAcaccac   >  1:494510/1‑61 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:58215/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:673242/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:648625/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:635215/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:632959/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:627995/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:60870/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:602709/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:602658/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:73298/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:570310/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:568652/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:564247/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:52403/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:508908/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:482801/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:447776/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:447413/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:846675/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:975416/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:974785/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:971265/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:96818/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:966591/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:959325/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:953775/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:937366/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:914777/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:909966/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:694657/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:801669/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:772148/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:771004/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:759527/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:755580/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:740964/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:740080/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:403624/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:70737/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1136260/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:139997/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1395949/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1317083/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1315948/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:131572/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1272074/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1257724/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1254339/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1253534/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1154584/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:140667/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1131255/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1123861/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1099612/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1093198/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1093031/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1086484/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1084613/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1072117/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1042571/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1027928/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:183384/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1007975/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:393781/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:391045/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:248203/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:236562/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:236039/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:233048/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:208121/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:194768/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:184849/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:432796/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:167443/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:158416/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1464593/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1447358/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1443338/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1431140/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1428594/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1421773/1‑62 (MQ=255)
cGCTGGCGGTGATCGGCATCTGCTCCGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACg  >  1:1407671/1‑62 (MQ=255)
                      |                                       
CGCTGGCGGTGATCGGCATCTGTTCAGCCATCTCAATCAAGGTTGCGTCGTTAAACACCACG  >  W3110S.gb/3629092‑3629153

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A