Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,739,289 C→T Q207Q (CAG→CAA)  yieH ← predicted hydrolase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,739,2890CT100.0% 374.6 / NA 135Q207Q (CAG→CAA) yieHpredicted hydrolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (135/0);  total (135/0)

Only 100 of 135 total aligned reads displayed.

CCAACCACGCGCTTTCCACAGTTCAGGTAACTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCG  >  W3110S.gb/3739259‑3739320
                              |                               
cccaCCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTc   >  1:1346612/4‑61 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCAGAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1306278/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGa                        >  1:676988/1‑40 (MQ=37)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAggt             >  1:1135138/1‑51 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTc   >  1:147732/1‑61 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTc   >  1:96602/1‑61 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTc   >  1:266480/1‑61 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTc   >  1:1246912/1‑61 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:563245/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:492630/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:496638/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:510101/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:536260/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:559407/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:476234/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:565887/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:570762/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:490337/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:315652/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:472993/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:451356/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:449331/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:432242/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:402480/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:397057/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:340450/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:324503/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:319048/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:283150/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:851606/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:986020/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:981817/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:968064/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:949221/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:918528/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:915674/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:905702/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:898435/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:892207/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:889228/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:865336/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:597780/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:833885/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:824811/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:806839/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:804119/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:79032/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:745247/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:722627/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:716033/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:696073/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:664491/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:633604/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1154477/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1290595/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1287997/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1272654/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1265201/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1261136/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1242279/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1230930/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1226855/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:118825/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1178000/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1171833/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1316977/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1131464/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1128661/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:108601/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1044213/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1036789/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1032223/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1027197/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1026146/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1015867/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1014619/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:169933/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:295966/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:285795/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1009028/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:281621/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:276922/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:245166/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:234310/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:189219/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:18802/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:186726/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:179177/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:311004/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1468565/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1462370/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1445233/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1416417/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1395661/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1392705/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1372822/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1343365/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1329281/1‑62 (MQ=255)
ccAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCg  >  1:1324747/1‑62 (MQ=255)
acAACCACGCGCCTTCCACAGTTCCGGTAATTGCGaa                           >  1:1297670/2‑37 (MQ=25)
                              |                               
CCAACCACGCGCTTTCCACAGTTCAGGTAACTGCGAAAGATGGGTAAAGGTGGTGACTTTCG  >  W3110S.gb/3739259‑3739320

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A