Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,954,141 T→C S966S (AGT→AGC)  bcsC → cellulose synthase subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,954,1410TC100.0% 291.9 / NA 102S966S (AGT→AGC) bcsCcellulose synthase subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (102/0);  total (102/0)

Only 100 of 102 total aligned reads displayed.

CGCTTAGTGGCGACCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGCGTGCGCTGGATG  >  W3110S.gb/3954134‑3954195
       |                                                      
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGAt   >  1:619430/1‑61 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGAt   >  1:1279187/1‑61 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGAt   >  1:1454601/1‑61 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:44710/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:602063/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:589628/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:577448/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:574991/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:573329/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:5640/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:561780/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:504245/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:499024/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:481462/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:470272/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:346875/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:425449/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:421154/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:420795/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:395589/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:390484/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:383646/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:373317/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:371507/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:350020/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:346944/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:324567/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:728336/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:971584/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:959143/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:952032/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:939375/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:899318/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:866990/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:803707/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:800324/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:782362/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:737551/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:736316/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:60939/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:725280/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:710559/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:709071/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:685282/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:677125/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:675263/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:663075/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:662581/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:654168/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:637253/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:628245/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1140544/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1297903/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1295204/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1271769/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1266479/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1266256/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1253216/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1208195/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1187846/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1172481/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1171964/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1154234/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:114139/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1309197/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1134246/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1132768/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1128479/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1123956/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:108442/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1081333/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1079182/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1060326/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1052442/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1046285/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1019893/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1420617/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:241162/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:235027/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:227004/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:226716/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:224952/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:200533/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:182278/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:176523/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:163165/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:157781/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1425479/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1018794/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1404009/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1402280/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:139864/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1395058/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1392687/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1370863/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1357645/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1345266/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:132977/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGTGTGCGCTGGATg  >  1:1322116/1‑62 (MQ=255)
cGCTTAGCGGTGATCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGAGTGTGCGCTGGATg  >  1:477292/1‑62 (MQ=255)
       |                                                      
CGCTTAGTGGCGACCAGTTAACCGGTAAAAATGTCGAAGATAACTGGCGCGTGCGCTGGATG  >  W3110S.gb/3954134‑3954195

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A