Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I2 R1
|
721 |
0.0 |
1472758 |
54.8% |
807071 |
56.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,990,052 |
T→C |
E43E (GAA→GAG) |
arsC ← |
arsenate reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,990,052 | 0 | T | C | 100.0%
| 292.5
/ NA
| 102 | E43E (GAA→GAG) | arsC | arsenate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (0/102); total (0/102) |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TTGACCAGTTCATCGCGCGTTGGCGGAGTTTCCAGATAATGGATAATAGTCGGTTCTGTGCCGCT > W3110S.gb/3990044‑3990108
|
tttaCCAGCTCATCGCGCGTCGG‑TGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCg < 1:1090817/59‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATTGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1208509/61‑1 (MQ=21)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTTGGTTCTGTACCGCt < 1:660487/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTTGGTTCTGTACCGCt < 1:658840/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:569951/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:679689/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:657692/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:650755/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:64116/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:637509/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:616714/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:615193/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:589272/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:585975/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:6867/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:535284/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:529367/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:521585/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:499842/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:487939/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:478660/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:406687/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:374587/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:361252/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:357287/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:346677/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:860486/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:984200/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:981784/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:958586/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:954416/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:950073/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:940500/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:925503/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:899982/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:890895/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:882020/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:870470/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:681925/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:820430/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:804139/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:801382/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:766314/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:755551/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:751712/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:741365/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:727246/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:708157/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:334455/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1137346/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:314589/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1351340/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1350277/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1336755/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1294411/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1204107/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1200693/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1198010/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1193160/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1164685/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1149737/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1147121/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1354409/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1128964/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1126724/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1100957/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:108800/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1070849/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1060042/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1039070/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:103815/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1034894/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1019330/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1012685/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1362453/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:285299/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:260539/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:260223/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:259953/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:251128/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:237298/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:218443/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:305262/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:214492/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:197463/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:184036/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1362287/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1471282/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:142736/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1423472/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1397606/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1394886/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1392206/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1367863/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTATGTACCGCt < 1:451743/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGCTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:299112/61‑1 (MQ=255)
ccAGCTCATCGCGCGGCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:902899/61‑1 (MQ=255)
cAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1006146/60‑1 (MQ=255)
cAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:527542/60‑1 (MQ=255)
cAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt < 1:1188582/60‑1 (MQ=255)
|
TTGACCAGTTCATCGCGCGTTGGCGGAGTTTCCAGATAATGGATAATAGTCGGTTCTGTGCCGCT > W3110S.gb/3990044‑3990108
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
