Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,046,867 A→G G219G (GGA→GGG)  livG → leucine/isoleucine/valine transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,046,8670AG100.0% 205.3 / NA 73G219G (GGA→GGG) livGleucine/isoleucine/valine transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/73);  total (0/73)

AAGCTGGTGATGGGAATTTCGGACCGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAC  >  W3110S.gb/4046853‑4046915
              |                                                
aaGCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGT‑AATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:420243/62‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTATGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:529708/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:403356/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:589081/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:569170/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:55921/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:542368/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:538018/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:516701/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:472919/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:604912/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:391714/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:388551/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:380992/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:379163/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:366415/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:364940/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:342721/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:34068/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:807693/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:932412/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:915756/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:907114/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:880702/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:877359/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:870903/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:860667/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:858270/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:334724/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:801801/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:798120/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:726647/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:709700/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:689823/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:689496/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:67492/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:607446/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1191635/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1011056/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1336399/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:129983/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1264217/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1243505/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1241701/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1229698/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1206979/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:133823/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1167246/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1152111/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1091374/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1090070/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1089478/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1054932/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1044979/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1028220/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:200033/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:325234/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:318451/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:292784/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:2830/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:261380/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:252712/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:243813/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:224071/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:18912/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1464972/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1451295/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1438577/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1431589/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1431032/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1411182/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGTCAATCAGGGCACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1338199/61‑1 (MQ=255)
  gCTGGTGATGGGGATTTCAGACAGAATTTACGTGGGCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAc  <  1:1362294/61‑1 (MQ=255)
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AAGCTGGTGATGGGAATTTCGGACCGAATTTACGTGGTCAATCAGGGGACGCCGCTGGCAAAC  >  W3110S.gb/4046853‑4046915

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A