Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,085,806 G→A L510L (CTA→TTA)  malT ← DNA‑binding transcriptional activator, maltotriose‑ATP‑binding

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,085,8060GA100.0% 236.4 / NA 86L510L (CTA→TTA) malTDNA‑binding transcriptional activator, maltotriose‑ATP‑binding
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/86);  total (0/86)

GGCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAGCGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTTGCA  >  W3110S.gb/4085776‑4085836
                              |                              
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGGGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:818808/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:351523/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:471371/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:462530/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:405744/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:402206/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:394299/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:394017/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:368477/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:360868/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:354004/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:352930/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:475883/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:333202/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:304686/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:28715/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:253344/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1038125/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:233854/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:233269/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:224189/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:631077/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:98784/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:984759/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:929142/61‑1 (MQ=255)
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ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:825690/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:799298/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:784334/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:68549/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:645524/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:239291/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:573776/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:549085/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:534842/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:534809/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:526065/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:502549/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:496843/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:480595/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1162183/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1338745/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1315198/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:214956/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1276698/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1264273/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1253392/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1204528/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1179012/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1168405/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1167519/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1304297/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1159289/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1150919/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1145377/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1134025/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1131188/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1099139/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1054658/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1052059/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1047412/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1441437/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:205847/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:203567/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:201384/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:189673/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:179051/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:17432/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:164997/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:149048/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1471950/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1341119/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1431128/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1430097/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1426114/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1420607/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1405332/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:139481/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:1389002/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGTTCGGGTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:824084/61‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCATCTGATCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:32137/61‑1 (MQ=255)
 gCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:591257/60‑1 (MQ=255)
  cGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:617623/59‑1 (MQ=255)
  cGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:613206/59‑1 (MQ=255)
                    tgctgcATTAACGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:832798/41‑1 (MQ=255)
                        gcATTAACGCAAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTtgca  <  1:367073/37‑1 (MQ=38)
                              |                              
GGCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAGCGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTTGCA  >  W3110S.gb/4085776‑4085836

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A