Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,172,601 G→A L679L (CTG→CTA)  chiA → periplasmic endochitinase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,172,6010GA100.0% 220.8 / NA 80L679L (CTG→CTA) chiAperiplasmic endochitinase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/80);  total (0/80)

GATCTGATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAAAGTCCTGGACTTCG  >  W3110S.gb/4172596‑4172656
     |                                                       
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:402280/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:552490/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:543211/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:536271/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:507175/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:494360/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:491459/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:470505/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:464801/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:434769/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:552690/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:389599/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:38525/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:384444/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:376292/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:364962/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:357983/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:357823/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:312854/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:303961/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:698193/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:976534/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:960690/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:956578/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:874447/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:805752/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:754005/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:734100/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:718910/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:701671/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1064456/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:697422/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:688157/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:683047/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:677537/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:665089/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:624396/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:59730/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:581993/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:575187/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1197825/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1292703/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:12902/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:128196/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1280376/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1278111/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1273746/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1261034/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1248295/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1202787/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:264833/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1181777/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1177964/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1148739/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1100226/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1093287/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1089340/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1083580/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1043030/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1354601/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:265853/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:249155/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:247763/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:239130/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:226847/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:211146/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:207893/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:198916/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:192861/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:154904/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1471097/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1425850/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1424792/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1418565/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:139656/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:138581/61‑1 (MQ=255)
gATCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1337645/61‑1 (MQ=255)
 aTCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1462649/60‑1 (MQ=255)
 aTCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:1107586/60‑1 (MQ=255)
 aTCTAATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAGAGTCCTGGACTTCg  <  1:998818/60‑1 (MQ=255)
     |                                                       
GATCTGATGCAGCATTATTATGACATCGTTGATAACCTGAACCTCAAAGTCCTGGACTTCG  >  W3110S.gb/4172596‑4172656

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A