Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,252,229 T→C L223L (TTG→CTG)  lamB → maltose outer membrane porin

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,252,2290TC100.0% 301.5 / NA 106L223L (TTG→CTG) lamBmaltose outer membrane porin
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (106/0);  total (106/0)

Only 100 of 106 total aligned reads displayed.

CGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACTTGCGTGATAACTATCGT  >  W3110S.gb/4252185‑4252246
                                            |                 
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCCACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:412594/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATATCTATCGt  >  1:787586/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAAc        >  1:59105/1‑56 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTa      >  1:531733/1‑58 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTAt     >  1:548377/1‑59 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATc    >  1:7961/1‑60 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCg   >  1:1173843/1‑61 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCg   >  1:1464867/1‑61 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCg   >  1:1115485/1‑61 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCg   >  1:1111378/1‑61 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCg   >  1:213541/1‑61 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:348781/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:305202/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:588984/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:588582/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:570368/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:56968/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:331500/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:545018/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:347382/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:491821/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:488285/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:443180/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:649564/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:435214/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:365048/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:406530/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:399885/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:398915/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:791221/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:987202/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:973237/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:970228/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:954797/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:878701/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:874026/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:863321/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:856676/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:840279/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:835183/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:816824/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:598492/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:787840/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:775534/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:708689/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:666411/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:664111/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:660158/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:656089/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:653305/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1027580/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:636443/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:610301/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1177109/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1325308/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1303376/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1302567/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1288240/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1283466/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1277668/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1267611/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1263686/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1217876/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1216243/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1186564/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1325707/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1173334/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1168032/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1164636/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1163572/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1161289/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1132226/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1116238/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1098864/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1083272/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1045291/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1014339/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1451146/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:275296/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:229195/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:228723/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:204163/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:191998/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:171257/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:161909/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:158405/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:15295/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1464486/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:283223/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1430540/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1428033/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1425710/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1419280/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1387283/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1386946/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1364698/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1353875/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:1336625/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:133340/1‑62 (MQ=255)
cGGGCGGCACATTAGAACTGGGTCTCGACTACGGTCGTGCCAACCTGCGTGATAACTATCGt  >  1:268720/1‑62 (MQ=255)
                                            |                 
CGGGCGGCACATTAGAACTGGGTGTCGACTACGGTCGTGCCAACTTGCGTGATAACTATCGT  >  W3110S.gb/4252185‑4252246

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A