Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,299,056 G→T A328A (GCG→GCT)  gltP → glutamate/aspartate:proton symporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,299,0560GT100.0% 211.8 / NA 76A328A (GCG→GCT) gltPglutamate/aspartate:proton symporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (0/76);  total (0/76)

CTTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATCTTCATCGCGCAGTTG  >  W3110S.gb/4299001‑4299062
                                                       |      
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:694005/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:769560/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:756702/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:753676/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:751364/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:738667/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:736110/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:712230/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:706290/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:700054/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:77583/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:685600/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:681805/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:643095/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:638562/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:614109/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:550894/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1024562/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:54505/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:881259/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:979084/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:974096/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:952338/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:913903/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:911213/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:902014/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:89818/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:890480/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:547672/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:857674/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:815907/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:81387/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:796196/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:791212/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:789556/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:78224/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:780151/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:125134/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1361524/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1348213/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1343724/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1337499/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1298917/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1264593/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1252536/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1252122/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:541451/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:122519/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1188708/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1153672/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1068622/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1068595/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1068500/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1026070/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:190073/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:544512/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:537067/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:523732/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:472854/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:398295/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:343277/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:339272/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:299/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:285345/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:26315/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:248087/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:216462/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:206271/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:192136/62‑1 (MQ=255)
ctTTTAACCTTGATGGTTCGACGATGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1261176/62‑1 (MQ=255)
 ttttATCCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:1361116/61‑1 (MQ=255)
  tttAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:122497/60‑1 (MQ=255)
  tttAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:776987/60‑1 (MQ=255)
       ccTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:582189/55‑1 (MQ=255)
                      gCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:824776/40‑1 (MQ=37)
                          tATCAAAGTATTGCCGCTATTTTCATCGCTCAGCTg  <  1:156139/36‑1 (MQ=25)
                                                       |      
CTTTTAACCTTGATGGTTCGACGCTGTATCAAAGTATTGCCGCTATCTTCATCGCGCAGTTG  >  W3110S.gb/4299001‑4299062

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A