Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,336,168 A→T L329L (CTA→CTT)  proP → proline/glycine betaine transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,336,1680AT100.0% 256.0 / NA 93L329L (CTA→CTT) proPproline/glycine betaine transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (93/0);  total (93/0)

GTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATT  >  W3110S.gb/4336152‑4336213
                |                                             
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTgtgt                      >  1:665902/1‑42 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGAt               >  1:1333363/1‑49 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGAt               >  1:962279/1‑49 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATcca            >  1:999220/1‑51 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCg           >  1:1351638/1‑53 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCg        >  1:930319/1‑56 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCg        >  1:824612/1‑56 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGtttttt  >  1:1178810/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGttt     >  1:665239/1‑59 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGttt     >  1:1171027/1‑59 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGttt     >  1:884276/1‑59 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTaa   >  1:18235/1‑60 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:287906/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:293828/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:35499/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:499478/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:498514/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:471926/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:46251/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:430685/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:429827/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:408278/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:406471/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:3870/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:320802/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:304909/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:665115/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:742577/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:753345/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:806636/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:860182/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:872076/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:873719/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:887750/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:896123/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:914785/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:92973/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:937214/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:943026/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:945335/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:952210/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:968840/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1342539/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1233716/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1224814/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1224361/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1284931/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1223538/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1213359/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1338145/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1208611/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1416887/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1457255/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:112293/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1469726/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:195395/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1107825/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1112260/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:156887/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt  >  1:1463385/1‑62 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:114816/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:1179006/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:1287969/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:927501/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:91486/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:900074/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:1216713/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:109248/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:1082616/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:97906/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:99723/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:122533/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:1077301/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:501525/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:265881/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:238749/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:211961/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:1056733/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:367943/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:391945/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:19409/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:43223/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:1340742/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:1267777/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:529239/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:623829/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:649761/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:1312542/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:1291376/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:674811/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:282945/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:784944/1‑61 (MQ=255)
gtcgtcCGTTTGTGCTTCTTGGTAGTGTTGCACTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt   >  1:1277170/1‑61 (MQ=255)
                |                                             
GTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATT  >  W3110S.gb/4336152‑4336213

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A