Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,425,750 T→C S363S (TCT→TCC)  ulaA → L‑ascorbate‑specific enzyme IIC component of PTS

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,425,7500TC100.0% 302.8 / NA 106S363S (TCT→TCC) ulaAL‑ascorbate‑specific enzyme IIC component of PTS
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/106);  total (0/106)

Only 100 of 107 total aligned reads displayed.

TCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCG  >  W3110S.gb/4425734‑4425794
                |                                            
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTTTCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1349687/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACTACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:116692/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCTCTTCGGCGGCTGGCg  <  1:390442/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTggag  <  1:694910/61‑3 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTggag  <  1:273034/61‑3 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:495224/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:675141/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:660005/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:659246/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:615776/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:594503/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:553836/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:544129/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:540764/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:5236/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:69142/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:480265/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:4551/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:44259/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:383402/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:377117/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:372586/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:358493/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:344241/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:336517/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1006755/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:85245/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:978942/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:94423/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:937263/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:93330/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:927354/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:919978/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:916265/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:903058/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:865085/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:858646/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:857222/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:679463/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:845149/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:83355/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:810023/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:809209/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:794816/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:78548/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:784066/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:77563/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:723871/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:335639/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1124567/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1253181/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1250918/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1240846/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1220209/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1198723/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1190367/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1188160/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:117275/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1158613/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1146841/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1139126/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1137496/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1257335/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1109303/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1104108/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1099474/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1096538/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1053992/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1048432/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1045774/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1044154/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:10413/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1033709/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1010892/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:174549/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:290075/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:286277/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:274347/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:26974/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:242171/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:24161/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:185533/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:182214/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:180586/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:291349/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:169323/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:165093/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1458459/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:137904/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1337316/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1330690/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1289984/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1274533/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:1258111/61‑1 (MQ=255)
tCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCCGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:482582/61‑1 (MQ=255)
 cccGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:617560/60‑1 (MQ=255)
 cccGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:285186/60‑1 (MQ=255)
 cccGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:665271/60‑1 (MQ=255)
       gTTCTTCTCCACCGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:430400/54‑1 (MQ=255)
             ctccAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCg  <  1:881771/48‑1 (MQ=255)
                |                                            
TCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTCGGCGGCTGGCG  >  W3110S.gb/4425734‑4425794

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A