Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,486,443 C→G D693H (GAC→CAC)  valS ← valyl‑tRNA synthetase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,486,4430CG100.0% 180.3 / NA 64D693H (GAC→CAC) valSvalyl‑tRNA synthetase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (64/0);  total (64/0)

TGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTCCAGCGC  >  W3110S.gb/4486388‑4486449
                                                       |      
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGTGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:570778/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:712410/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1002573/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:223394/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:258517/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:299574/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:304863/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:340264/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:391047/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:523200/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:524995/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:61726/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:667195/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:686735/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:686919/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:711767/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:183728/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:727176/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:728089/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:746836/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:761444/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:857213/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:860508/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:866181/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:902896/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:928970/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:951544/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:960363/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:968978/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:985491/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:986480/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1243156/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1007448/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1019658/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1029541/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1041140/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1103885/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1116631/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1138790/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1141304/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1153201/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1159689/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1162311/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1178998/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1196420/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:16880/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1264789/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:145446/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1435425/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1378344/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1378246/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1335884/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1324092/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:131615/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1299394/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1295008/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1282738/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1279956/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcgc  >  1:1254968/1‑62 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcg   >  1:451783/1‑61 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcg   >  1:825974/1‑61 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcg   >  1:1265995/1‑61 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgcg   >  1:120712/1‑61 (MQ=255)
tGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTGCAgc    >  1:1061234/1‑60 (MQ=255)
                                                       |      
TGGTTCCAGGTGAACTCATACAGAATGCCTGCGGCGATATCGAAGCGGAAGCTGTCCAGCGC  >  W3110S.gb/4486388‑4486449

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A