Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 383,082 A→G S26S (AGT→AGC)  yaiP ← predicted glucosyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb383,0820AG100.0% 136.5 / NA 71S26S (AGT→AGC) yaiPpredicted glucosyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/71);  total (0/71)

GTCAATACAGCCTTTCTTTTGACTGGGTTTACGTCTTAGCGTACTTAAAAACCATAGCAAC  >  W3110S.gb/383061‑383121
                     |                                       
gTCAATACTGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:67221/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACATCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:28899/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:67643/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:7117/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:69689/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:6965/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:68861/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:68449/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:6833/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:68237/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:67939/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:73180/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:66922/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:66005/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:63630/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:63023/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:62144/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:57238/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:53086/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:79481/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:9386/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:85649/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:84613/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:83417/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:82624/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:82433/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:82350/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:79503/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:52215/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:79260/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:78988/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:78696/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:75608/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:7463/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:74115/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:73203/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:33230/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:12101/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:14205/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:14649/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:15640/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:17111/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:17973/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:19591/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:22288/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:2620/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:27703/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:28426/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:28448/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:2850/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:29509/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:11681/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:43808/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:50793/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:50745/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:50070/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:4959/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:49463/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:49118/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:48839/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:47173/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:33339/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:41339/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:37597/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:37308/61‑2 (MQ=255)
gTCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:34889/61‑2 (MQ=255)
 tCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:24235/60‑2 (MQ=255)
 tCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:39364/60‑2 (MQ=255)
 tCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:37840/60‑2 (MQ=255)
 tCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:74253/60‑2 (MQ=255)
 tCAATACAGCCTTTCTTTTGGCTGGGCTTACGCCTTAACGTACTCAGAAACCATAGCaat  <  1:28810/60‑2 (MQ=255)
                     |                                       
GTCAATACAGCCTTTCTTTTGACTGGGTTTACGTCTTAGCGTACTTAAAAACCATAGCAAC  >  W3110S.gb/383061‑383121

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A