Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 396,486 T→C S208S (AGT→AGC)  sbmA → predicted transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb396,4860TC100.0% 138.4 / NA 71S208S (AGT→AGC) sbmApredicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (71/0);  total (71/0)

GTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTC  >  W3110S.gb/396481‑396542
     |                                                        
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTTATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:21673/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGc                             >  1:16125/1‑35 (MQ=37)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGctcta  >  1:4094/1‑61 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGctct   >  1:30434/1‑61 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGc      >  1:48813/1‑58 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:53958/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:53971/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:54658/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:50557/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:54906/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:49781/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:56198/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:57244/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:57290/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:57458/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:58373/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:5959/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:49670/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:6324/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:7402/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:84006/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:83616/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:83216/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:82978/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:82292/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:79378/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:79114/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:78353/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:63094/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:73641/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:73115/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:70773/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:67611/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:65669/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:64171/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:10738/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:48650/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:10304/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:11167/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:12240/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:12475/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:13511/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:1503/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:16066/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:16197/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:16761/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:16775/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:18101/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:19183/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:20645/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:2110/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:21638/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:2596/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:49034/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:46846/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:42500/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:4191/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:41654/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:41449/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:41178/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:39879/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:39122/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:36778/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:35241/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:35109/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:34959/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:22834/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTGCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:85392/1‑62 (MQ=255)
gTCAGCTTTATAAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTg                      >  1:83595/1‑42 (MQ=37)
ctCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:6290/2‑62 (MQ=255)
atCAGCTTTATCAACGCTATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCtctc  >  1:69084/2‑62 (MQ=255)
     |                                                        
GTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTC  >  W3110S.gb/396481‑396542

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A