Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 786,585 A→T S177S (TCA→TCT)  aroG → 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, phenylalanine repressible

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb786,5850AT100.0% 177.1 / NA 97S177S (TCA→TCT) aroG3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, phenylalanine repressible
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (0/97);  total (0/97)

ACGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCT  >  W3110S.gb/786546‑786607
                                       |                      
aCGTACCACCGATTCGCTGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:44479/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGTACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:35872/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGTGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:4270/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:63607/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:64229/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:63297/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:62700/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:62442/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:59472/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:59055/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:57393/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:57291/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:56850/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:55905/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:55604/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:53221/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:51657/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:50688/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:50357/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:49638/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:47753/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:47513/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:4567/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:77674/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:9659/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:9172/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:88217/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:87447/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:87075/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:86783/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:85559/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:84591/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:82912/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:82243/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:12443/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:7728/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:75912/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:74205/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:71998/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:71707/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:70423/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:69631/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:67129/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:65920/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:64511/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:22057/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:3001/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:29534/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:40871/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:29198/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:2915/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:28782/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:26745/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:24547/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:2391/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:22300/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:22187/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:29288/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:21173/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:20888/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:19665/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:19006/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:17252/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:16465/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:16285/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:15682/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:1565/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:14517/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:10071/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:31480/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:3991/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:38336/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:37645/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:37461/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:36800/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:36369/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:35614/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:34376/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:32637/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:34072/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:34309/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggat  <  1:37653/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCCTGTCAGGTAggtt  <  1:69814/62‑3 (MQ=255)
aCGTACCACCGAATCGCAGGTGCACAGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:22778/62‑3 (MQ=255)
 cGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:35134/61‑3 (MQ=255)
 cGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:82450/61‑3 (MQ=255)
 cGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:72917/61‑3 (MQ=255)
 cGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:85597/61‑3 (MQ=255)
 cGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:44679/61‑3 (MQ=255)
 cGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:3072/61‑3 (MQ=255)
 cGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:40648/61‑3 (MQ=255)
 cGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:40994/61‑3 (MQ=255)
 cGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAgggt  <  1:62256/61‑3 (MQ=255)
  gTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:39549/60‑3 (MQ=255)
           aaTCGCAGGTGCACCGCGAACTGGAGTCTGGGCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:34313/51‑3 (MQ=255)
            aTCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:34361/50‑3 (MQ=255)
                      cACCGCGAACTGGCGTCTGGTCTTTCTTGTCAGGTAggtt  <  1:4278/40‑3 (MQ=16)
                                       |                      
ACGTACCACCGAATCGCAGGTGCACCGCGAACTGGCATCAGGGCTTTCTTGTCCGGTCGGCT  >  W3110S.gb/786546‑786607

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A