Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 896,862 C→T L103L (CTA→TTA)  potH → putrescine transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb896,8620CT100.0% 183.5 / NA 101L103L (CTA→TTA) potHputrescine transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/101);  total (0/101)

Only 100 of 101 total aligned reads displayed.

GTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGG  >  W3110S.gb/896858‑896916
    |                                                      
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:57657/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:63520/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:63353/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:63283/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:62263/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:62148/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:61605/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:6140/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:59123/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:58881/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:58811/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:57889/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:65348/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:57467/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:56746/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:55316/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:54694/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:54254/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:54165/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:52826/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:1145/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:51957/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:51781/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:51157/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:78637/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:88476/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:88317/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:87468/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:86640/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:86581/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:83034/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:82074/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:81097/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:80211/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:79432/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:79117/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:52766/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:76057/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:76034/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:73073/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:72017/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:71602/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:70938/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:69527/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:69249/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:68213/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:66395/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:2605/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:50932/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:36921/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:3635/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:34233/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:34216/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:34007/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:33456/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:32505/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:29761/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:28834/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:28731/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:27550/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:38124/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:25218/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:23698/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:23270/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:21136/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:2000/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:16807/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:1577/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:15100/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:14568/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:12112/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:12008/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:38901/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:50857/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:49319/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:49290/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:48733/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:48271/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:47508/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:47269/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:47165/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:46260/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:45944/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:45609/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:43940/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:43634/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:43084/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:42867/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:40971/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:40951/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:39102/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:38746/59‑1 (MQ=38)
gTCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATACGCTgg  <  1:45651/59‑1 (MQ=37)
gTCGTTACAGGTGGCGGAGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:57813/59‑1 (MQ=37)
 tCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:73514/58‑1 (MQ=38)
 tCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:77714/58‑1 (MQ=38)
 tCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:56453/58‑1 (MQ=38)
 tCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:59175/58‑1 (MQ=38)
 tCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:59525/58‑1 (MQ=38)
 tCGTTACAGGTGGCGGCGATTTCGACTATTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTgg  <  1:86217/58‑1 (MQ=38)
    |                                                      
GTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGG  >  W3110S.gb/896858‑896916

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A