Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,229,766 G→A V37V (GTG→GTA)  ycgM → predicted isomerase/hydrolase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,229,7660GA100.0% 125.9 / NA 68V37V (GTG→GTA) ycgMpredicted isomerase/hydrolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/68);  total (0/68)

GGCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTGCCCGAAGAGCCAGTGCT  >  W3110S.gb/1229722‑1229783
                                            |                 
ggCAGTAGCTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:6218/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCTGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:39958/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:58491/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:6633/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:63825/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:62046/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:61728/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:6024/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:59872/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:66360/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:5846/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:58104/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:57281/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:5682/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:56674/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:52522/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:494/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:47775/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:67447/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:68148/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:68458/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:73236/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:7662/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:78114/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:79905/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:82812/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:83980/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:84018/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:84172/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:85941/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:8654/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:87007/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:88687/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:3144/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:14541/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:15015/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:16273/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:1889/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:19448/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:21962/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:22768/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:24361/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:2848/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:28770/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:29843/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:31031/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:46585/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:31604/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:34320/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:35099/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:38075/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:42076/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:42588/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:43064/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:43479/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:46370/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:44423/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:45554/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:45713/62‑1 (MQ=255)
ggCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATCGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:45952/62‑1 (MQ=255)
gccAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:68925/60‑1 (MQ=255)
cgCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:2167/61‑1 (MQ=255)
 gCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:13471/61‑1 (MQ=255)
 gCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:17712/61‑1 (MQ=255)
 gCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:77616/61‑1 (MQ=255)
               aaaCATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:24172/47‑1 (MQ=255)
                aaCATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:44469/46‑1 (MQ=255)
                  cATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTACCCGAAGAGCCAGTGCt  <  1:32848/44‑1 (MQ=255)
                                            |                 
GGCAGTAACTATGCCAAACATATTAAAGAGATGGGCAGCGCAGTGCCCGAAGAGCCAGTGCT  >  W3110S.gb/1229722‑1229783

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A