Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,265,581 T→C V97V (GTT→GTC)  hemA → glutamyl tRNA reductase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,265,5810TC100.0% 147.9 / NA 79V97V (GTT→GTC) hemAglutamyl tRNA reductase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/79);  total (0/79)

TAAAAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGACGCGGTTAGCCATTTAATGCGTGTTGCCAG  >  W3110S.gb/1265545‑1265604
                                    |                       
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCTGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:17406/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:60023/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:70991/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:70207/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:70099/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:69507/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:67751/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:65530/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:65378/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:64941/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:61624/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:61503/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:71496/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:58849/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:58061/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:57974/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:57913/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:57502/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:55991/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:55092/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:52997/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:80222/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:9856/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:928/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:88519/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:870/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:85687/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:84434/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:83194/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:82577/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:80522/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:52752/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:79918/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:78959/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:78764/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:76619/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:76490/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:75621/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:75594/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:74162/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:20555/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:10962/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:29559/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:29498/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:28965/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:26612/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:25543/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:23797/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:23368/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:22618/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:30711/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:19232/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:18826/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:18610/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:18350/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:16458/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:16200/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:13611/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:13485/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:42252/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:52658/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:50542/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:48935/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:4768/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:45874/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:45661/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:42333/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:32306/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:42181/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:41290/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:39867/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:3862/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:38222/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:3741/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:36313/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:33769/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGTCAGTCATATAATGCGCGTTGCCAg  <  1:47277/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGCGGGCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:1979/60‑1 (MQ=255)
tAATAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGATGAGGTCAGTCATTTAATGCGCGTTGCCAg  <  1:76497/60‑1 (MQ=255)
                                    |                       
TAAAAGCCTCTACTGGCATCAGGATAACGACGCGGTTAGCCATTTAATGCGTGTTGCCAG  >  W3110S.gb/1265545‑1265604

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A