Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,479,409 C→T H25H (CAC→CAT)  ynbA → predicted inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,479,4090CT100.0% 159.7 / NA 85H25H (CAC→CAT) ynbApredicted inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (85/0);  total (85/0)

CTTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCACGTTACAGCGAAT  >  W3110S.gb/1479361‑1479421
                                                |            
ctTTCAGTCTCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:19023/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGCCGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:9728/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACTGCGAat  >  1:62538/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGaa   >  1:60087/1‑60 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGaa   >  1:86682/1‑60 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGaa   >  1:41789/1‑60 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGa    >  1:4819/1‑59 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:48984/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:67825/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:66097/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:64731/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:6457/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:63144/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:63073/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:68754/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:61012/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:53035/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:59959/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:59053/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:49585/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:53857/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:53257/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:50897/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:53047/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:78416/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:9962/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:9956/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:86576/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:83023/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:82184/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:81526/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:80669/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:80371/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:79029/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:68285/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:73980/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:7369/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:73653/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:72475/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:72253/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:72059/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:7195/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:69459/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:46824/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:21916/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:31841/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:30317/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:27784/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:26890/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:26035/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:25904/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:24926/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:24280/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:22975/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:22572/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:32069/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:20142/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:16461/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:16188/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:13563/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:13461/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:13152/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:13142/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:12670/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:12129/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:40387/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:12125/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:46464/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:46300/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:45658/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:45277/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:45215/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:44453/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:41243/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:40499/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:48811/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:40236/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:4013/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:37446/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:37314/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:36372/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:35644/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:34558/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:33093/1‑61 (MQ=255)
ctTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCATGTTACAGCGAat  >  1:32974/1‑61 (MQ=255)
                                                |            
CTTTCAGTCGCTGTTAAGGCCGACGATGTTTTGGCTTTATAAGCACCACGTTACAGCGAAT  >  W3110S.gb/1479361‑1479421

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A