Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,740,343 C→T G262G (GGC→GGT)  purR → DNA‑binding transcriptional repressor, hypoxanthine‑binding

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,740,3430CT100.0% 198.7 / NA 113G262G (GGC→GGT) purRDNA‑binding transcriptional repressor, hypoxanthine‑binding
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/113);  total (0/113)

Only 100 of 113 total aligned reads displayed.

AATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTG  >  W3110S.gb/1740310‑1740370
                                 |                           
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCtt  <  1:52403/61‑2 (MQ=38)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:59628/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:66400/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:65169/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:64798/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:63736/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:63315/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:62946/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:62307/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:61677/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:61572/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:61534/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:6092/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:60782/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:67067/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:59004/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:56271/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:53876/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:5320/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:53011/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:52074/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:49955/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:49792/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:49648/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:10440/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:76299/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:9506/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:83689/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:83632/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:83394/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:83286/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:82537/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:81369/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:80795/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:78006/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:77539/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:76980/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:48294/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:76289/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:75333/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:74154/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:72436/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:71892/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:70785/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:70637/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:69874/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:68713/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:68241/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:68044/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:17948/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:25799/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:47053/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:23877/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:23838/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:23085/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:22521/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:213/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:20965/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:20954/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:19814/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:18240/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:25431/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:16604/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:16274/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:15986/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:15494/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:14532/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:14495/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:13686/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:12194/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:11256/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:10842/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:10665/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:3230/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:44720/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:45289/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:43542/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:42380/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:4177/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:40896/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:37775/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:45492/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:45765/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:32486/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:32248/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:31603/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:30779/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:30285/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:29941/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:46738/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:46983/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:28149/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:27726/61‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:26783/61‑1 (MQ=255)
 aTGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:27209/60‑1 (MQ=38)
        cACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:16965/53‑1 (MQ=38)
            ttGTGCTGCTGATGAAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:82276/49‑1 (MQ=37)
                     tgatgaAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:6915/40‑1 (MQ=25)
                     tgatgaAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:28288/40‑1 (MQ=25)
                        tgaAATGGGTCTGCGCGTGCCGCAGGATGTTTCGCTg  <  1:17802/37‑1 (MQ=25)
                                 |                           
AATGGGCGCACTTTGTGCTGCTGATGAAATGGGCCTGCGCGTCCCGCAGGATGTTTCGCTG  >  W3110S.gb/1740310‑1740370

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A