Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,788,581 A→G T82T (ACT→ACC)  pps ← phosphoenolpyruvate synthase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,788,5810AG100.0% 162.4 / NA 85T82T (ACT→ACC) ppsphosphoenolpyruvate synthase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/85);  total (0/85)

GCAAGCTGAGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGTTT  >  W3110S.gb/1788573‑1788632
        |                                                   
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTTGttt  <  1:30489/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:61455/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:66864/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:6680/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:65958/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:656/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:6497/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:64767/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:64419/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:63113/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:61487/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:45426/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:60909/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:57596/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:57581/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:5607/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:54837/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:5466/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:49987/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:49782/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:49252/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:10392/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:77286/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:87067/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:86325/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:84779/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:847/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:82968/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:8049/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:79497/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:78711/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:78605/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:78331/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:67173/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:75746/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:75245/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:75163/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:72702/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:71795/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:70151/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:68691/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:68244/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:6731/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:20623/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:30362/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:29344/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:28884/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:27250/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:26806/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:24891/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:24161/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:22605/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:21733/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:21641/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:45148/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:20341/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:1810/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:18042/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:15671/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:14619/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:13061/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:12445/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:10592/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:10063/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:34493/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:44886/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:42460/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:40763/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:40277/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:40244/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:45345/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:38675/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:37752/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:30960/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:33954/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:33545/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:33392/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:32678/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:32264/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:32149/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:31638/60‑1 (MQ=255)
gCAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:31468/60‑1 (MQ=255)
 cAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:88080/59‑1 (MQ=255)
 cAAGCTGGGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:36992/59‑1 (MQ=255)
     cTGGGTAACTTCGTCAATATGCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGttt  <  1:3879/55‑1 (MQ=255)
        |                                                   
GCAAGCTGAGTAACATCGTCAATATCCGTTTTATCCAGCAGTTCATAAATGCGCTGGTTT  >  W3110S.gb/1788573‑1788632

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A