Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,101,286 A→C P155P (CCT→CCG)  ugd ← UDP‑glucose 6‑dehydrogenase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,101,2860AC99.1% 197.6 / NA 106P155P (CCT→CCG) ugdUDP‑glucose 6‑dehydrogenase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  major base C (0/105);  minor base T (0/1);  total (0/106)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 106 total aligned reads displayed.

CGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACC  >  W3110S.gb/2101263‑2101315
                       |                             
cGCTCACCGATGACAATACGTGATGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:53708/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAGGGGCTTTAcc  <  1:30539/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:62933/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:70580/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:70366/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:70287/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:6990/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:68583/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:67796/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:67605/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:66566/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:6646/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:65349/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:64729/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:72525/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:61297/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:59664/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:58100/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:57437/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:56416/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:54628/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:53834/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:53493/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:10604/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:52478/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:80129/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:8908/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:87677/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:87531/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:86698/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:84620/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:84435/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:83071/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:82339/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:81558/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:80738/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:80240/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:70669/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:7954/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:78822/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:78237/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:77236/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:7614/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:74109/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:74061/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:73880/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:73817/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:72730/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:53057/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:21410/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:31918/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:31732/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:30977/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:29477/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:28389/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:27686/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:27197/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:27080/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:23478/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:23197/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:22203/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:21823/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:34383/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:20379/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:19952/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:19063/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:1760/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:16913/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:15017/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:14637/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:14457/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:14415/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:13023/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:12346/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:36063/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:51345/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:50500/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:49729/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:49721/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:49587/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:49333/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:48861/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:487/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:45175/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:44689/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:44503/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:43104/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:42807/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:41294/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:39604/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:38040/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:37712/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:36951/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:36107/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:51677/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACCTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:39352/53‑1 (MQ=255)
cGCTCACCGATGACAATACATGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:6943/53‑1 (MQ=255)
      ccGATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:60953/47‑1 (MQ=255)
        gATGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTCTAcc  <  1:75222/45‑1 (MQ=255)
          tGACAATACGTGACGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTAcc  <  1:63627/43‑1 (MQ=255)
                       |                             
CGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACC  >  W3110S.gb/2101263‑2101315

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A