Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,386,118 C→T Q32Q (CAG→CAA)  elaA ← predicted acyltransferase with acyl‑CoA N‑acyltransferase domain

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,386,1180CT100.0% 175.5 / NA 93Q32Q (CAG→CAA) elaApredicted acyltransferase with acyl‑CoA N‑acyltransferase domain
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (93/0);  total (93/0)

CGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAA  >  W3110S.gb/2386068‑2386128
                                                  |          
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTgtt        >  1:7415/1‑53 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTgtt        >  1:2282/1‑53 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:57722/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:70544/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:70033/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:69701/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:67940/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:67666/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:67584/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:6214/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:61979/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:61137/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:58021/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:72431/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:54209/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:52748/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:51970/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:50728/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:48743/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:47910/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:45879/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:45664/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:44900/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:42637/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:4218/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:82334/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:9166/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:9001/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:87805/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:87429/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:87131/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:86066/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:84865/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:84242/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:84188/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:83682/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:70631/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:81711/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:81628/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:80137/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:79621/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:78795/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:78617/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:76110/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:73329/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:73107/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:40144/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:20146/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:40726/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:26261/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:25081/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:24340/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:24333/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:23977/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:23755/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:23297/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:22033/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:21827/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:21406/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:26375/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:18647/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:18606/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:17564/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:16361/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:16114/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:14402/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:14063/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:12827/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:10807/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:10772/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:35367/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:10357/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:40131/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:39962/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:39912/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:39840/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:38600/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:38352/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:38196/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:36589/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:3569/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:27938/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:33814/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:31291/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:31214/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:30642/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:30114/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:29820/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:29318/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:28889/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCacta  >  1:28710/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATATCCTGGTAAGGACAGTTTTGTTCCact   >  1:23492/1‑59 (MQ=255)
cGATTTTCTCCCTCCAGATCGTCACCATCGATAACCTGGTAAGGACACTTTTGTTCCacta  >  1:35630/1‑59 (MQ=255)
                                                  |          
CGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAA  >  W3110S.gb/2386068‑2386128

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A