Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,436,519 C→G L204L (TTG→CTC)  dedD ← conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,436,5190CG98.8% 166.1 / ‑5.6 86L204L (TTG→CTC) dedDconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base G (0/85);  minor base T (0/1);  total (0/86)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01

TTCGGCGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGTTGCTTCAACTCACCCAGCG  >  W3110S.gb/2436472‑2436532
                                               |             
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACTCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:15687/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACTCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:15804/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTTAGCTCACCCAGCg  <  1:769/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:59866/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:69964/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:69481/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:69155/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:67753/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:67448/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:66396/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:65428/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:62514/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:6226/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:72316/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:59814/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:56005/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:52040/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:51398/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:50871/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:50568/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:50198/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:49958/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:76237/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:87409/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:83891/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:81560/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:79203/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:78771/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:78712/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:78642/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:77586/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:76922/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:71961/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:76036/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:75078/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:74729/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:74722/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:73101/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:73083/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:13017/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:72120/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:2464/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:35390/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:32198/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:31677/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:3088/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:30456/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:30125/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:29038/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:24971/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:49158/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:19895/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:18648/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:1517/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:145/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:1444/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:13720/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:1013/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:36111/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:49576/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:49055/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:45999/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:45477/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:44661/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:44632/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:41798/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:41221/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:35878/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:39273/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:37172/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAACTCACCCAGCg  <  1:24337/61‑1 (MQ=255)
ttCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGACAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:25646/61‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:84179/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:83948/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:80585/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:80170/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:28644/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:51985/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:38994/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:7680/60‑1 (MQ=255)
 tCGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:4158/60‑1 (MQ=255)
  cGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAggg  <  1:31270/59‑3 (MQ=255)
  cGGTGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:17025/59‑1 (MQ=255)
                     aCGCCACTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:14895/40‑1 (MQ=255)
                          aCTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:36200/35‑1 (MQ=25)
                          aCTTAAGCCAGAAAGCTGCTTGAGCTCACCCAGCg  <  1:87718/35‑1 (MQ=25)
                                               |             
TTCGGCGTATAGCCCATTACCACGCCACTTAAGCCAGAAAGTTGCTTCAACTCACCCAGCG  >  W3110S.gb/2436472‑2436532

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A