Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,491,151 T→C V444V (GTT→GTC)  evgS → hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with EvgA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,491,1510TC100.0% 162.6 / NA 83V444V (GTT→GTC) evgShybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with EvgA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (83/0);  total (83/0)

GCATTTCACAAGGTTAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGCTAAATTCG  >  W3110S.gb/2491137‑2491196
              |                                             
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGctc                         >  1:37180/1‑37 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGt                     >  1:12303/1‑41 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:62773/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:76199/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:75259/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:74811/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:73410/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:70743/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:69838/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:681/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:66437/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:64004/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:62866/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:76616/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:62087/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:56983/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:53323/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:53190/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:51236/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:48094/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:46178/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:4343/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:83554/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:8865/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:88387/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:86694/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:86119/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:85603/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:84998/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:84965/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:84013/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:83735/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:42190/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:82528/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:82229/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:81605/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:8043/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:79197/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:78937/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:78308/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:78052/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:76784/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:17157/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:25834/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:24943/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:21939/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:20777/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:19376/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:18986/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:18960/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:18223/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:17239/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:26867/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:16422/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:14867/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:14830/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:14554/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:14533/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:14467/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:12617/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:11917/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:11811/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:3692/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:11285/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:41908/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:3883/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:38731/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:38053/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:37476/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:37019/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:42379/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:34928/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:34883/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:34471/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:32830/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:32376/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:31602/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:30358/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:28467/1‑60 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTc   >  1:30380/1‑59 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTc   >  1:13665/1‑59 (MQ=255)
gCATTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTc   >  1:45779/1‑59 (MQ=255)
gCAGTTCACAAGGTCAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGTTAAATTcg  >  1:41310/1‑60 (MQ=255)
              |                                             
GCATTTCACAAGGTTAAGGAAGGTGAACTTGATGCTCTGGTCGCGACACAGCTAAATTCG  >  W3110S.gb/2491137‑2491196

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A