Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,510,928 C→T V22V (GTG→GTA)  ypdE ← predicted peptidase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,510,9280CT100.0% 163.6 / NA 90V22V (GTG→GTA) ypdEpredicted peptidase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/90);  total (0/90)

GCAGGATCTGCCGCACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCTTTT  >  W3110S.gb/2510915‑2510976
             |                                                
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:61913/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:74087/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:73564/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:6930/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:69100/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:69040/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:67545/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:64973/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:64938/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:64842/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:63227/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:62591/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:75375/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:59567/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:59112/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:58776/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:58412/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:57719/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:57299/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:56431/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:55890/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:55830/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:54674/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:85735/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:9619/62‑1 (MQ=255)
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gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:88618/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:88199/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:87755/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:87411/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:86736/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:86584/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:86382/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:85982/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:54444/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:85348/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:83589/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:83215/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:83081/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:81578/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:81010/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:80399/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:77310/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:76834/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:76248/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:21261/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:11822/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:32125/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:31822/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:3097/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:29376/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:29267/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:28835/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:25018/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:22620/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:21274/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:32655/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:21068/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:18808/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:18344/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:17687/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:17472/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:15864/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:15185/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:14658/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:14545/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:12660/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:44831/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:53340/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:5139/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:50896/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:49612/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:48998/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:48051/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:48010/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:47518/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:47454/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:45299/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:44496/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:43744/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:42053/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:41803/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:40700/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:39026/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:37683/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:11241/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:34898/62‑1 (MQ=255)
gcagGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGACGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:11816/62‑1 (MQ=255)
  agGATCTGCCGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:3252/60‑1 (MQ=255)
          ccGTACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCtttt  <  1:35547/52‑1 (MQ=255)
             |                                                
GCAGGATCTGCCGCACTTCCTGTTCCGAGGAGGCGATCGCATCTGCCTCGCTCAACGCTTTT  >  W3110S.gb/2510915‑2510976

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A