Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,593,142 G→A V458V (GTC→GTT)  ypfI ← predicted hydrolase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,593,1420GA100.0% 165.0 / NA 86V458V (GTC→GTT) ypfIpredicted hydrolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/86);  total (0/86)

GCAATAAGTTGCCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTGAC  >  W3110S.gb/2593083‑2593144
                                                           |  
gCAATAAGCTGTCTCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:3335/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGTACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:39234/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:64826/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:70694/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:70513/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:70176/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:6937/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:69178/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:68869/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:68357/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:6811/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:71252/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:64360/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:6322/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:63016/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:60474/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:58403/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:56335/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:55618/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:54687/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:54378/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:51917/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:79290/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:8878/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:87764/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:87498/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:86910/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:84551/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:83333/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:8260/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:81525/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:8094/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:80643/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:49788/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:78142/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:76991/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:74641/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:74509/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:74204/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:73053/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:7305/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:7230/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:71506/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:20184/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:10072/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:30682/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:27747/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:25790/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:24118/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:23971/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:22440/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:21953/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:21106/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:31591/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:2006/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:19001/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:17728/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:17652/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:1581/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:15297/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:15007/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:13350/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:10636/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:41818/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:49591/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:46343/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:46133/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:43149/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:43003/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:41715/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:4011/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:37651/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:37348/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:35829/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:34983/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:33517/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:32677/62‑1 (MQ=255)
gCAATAAGCTGTCGCCCTGTGCCTTCCAGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:54641/62‑1 (MQ=255)
           tcgccCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:3162/50‑1 (MQ=255)
           tcgccCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:43219/50‑1 (MQ=255)
              cccTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:2498/48‑1 (MQ=255)
              cccTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:26457/48‑1 (MQ=255)
               ccTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:44998/47‑1 (MQ=255)
                  gtgCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:18056/44‑1 (MQ=255)
                     ccTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:48987/41‑1 (MQ=255)
                         cccGCTGACCAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTAAc  <  1:5895/37‑1 (MQ=37)
                                                           |  
GCAATAAGTTGCCGCCCTGTGCCTTCCCGCTGACGAGCCGGATGAACTGCTATCCGGCTGAC  >  W3110S.gb/2593083‑2593144

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A