Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,624,758 A→T S330C (AGC→TGC)  ppx → exopolyphosphatase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,624,7580AT100.0% 156.6 / NA 86S330C (AGC→TGC) ppxexopolyphosphatase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (0/86);  total (0/86)

ACATCGACAGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTGG  >  W3110S.gb/2624750‑2624811
        |                                                     
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAATTGTACGAACAGTgg  <  1:75343/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:6369/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:73480/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:72582/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:7237/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:71659/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:70443/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:69797/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:6728/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:65610/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:64020/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:73492/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:63290/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:63223/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:62125/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:61517/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:60342/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:57688/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:56664/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:56510/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:55351/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:10508/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:83113/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:9129/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:8960/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:87455/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:87307/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:86936/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:86/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:8482/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:83599/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:83549/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:54889/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:80677/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:80380/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:80361/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:78567/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:78419/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:77658/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:76195/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:75010/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:74835/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:23328/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:54510/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:37307/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:36582/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:33644/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:32358/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:30677/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:30535/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:29609/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:26963/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:24746/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:39191/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:22291/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:19528/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:16915/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:15689/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:15476/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:15035/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:12974/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:11018/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:10870/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:46047/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:54389/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:54180/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:53379/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:51642/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:50298/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:47968/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:47751/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:4758/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:46685/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:39763/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:45936/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:45866/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:45204/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:43211/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:42724/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:42299/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:4029/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:40074/62‑1 (MQ=255)
acaTCGACTACGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:35763/62‑1 (MQ=255)
 caTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:59536/61‑1 (MQ=255)
 caTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:14604/61‑1 (MQ=255)
 caTCGACTGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTgg  <  1:72388/61‑1 (MQ=255)
        |                                                     
ACATCGACAGCGAACAGGCCCGACGGGTGCTGGATACCACTATGCAAATGTACGAACAGTGG  >  W3110S.gb/2624750‑2624811

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A