Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,914,963 G→A V417V (GTG→GTA)  barA → hybrid sensory histidine kinase, in two‑component regulatory system with UvrY

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,914,9630GA100.0% 149.0 / NA 83V417V (GTG→GTA) barAhybrid sensory histidine kinase, in two‑component regulatory system with UvrY
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (83/0);  total (83/0)

AAATCATCACTAACCTGGTGGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATATT  >  W3110S.gb/2914944‑2915005
                   |                                          
aaaTCATCACTATCCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:45993/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGatat   >  1:70984/1‑61 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGatat   >  1:54021/1‑61 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGatat   >  1:24020/1‑61 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:69500/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:7005/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:67639/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:66007/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:62605/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:62483/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:6070/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:60353/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:58907/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:58366/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:56306/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:54276/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:54268/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:54252/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:50259/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:49430/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:47854/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:46195/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:80247/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:10829/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:9173/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:8850/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:87844/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:86281/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:84777/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:83430/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:80843/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:80293/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:69948/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:78297/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:77771/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:76206/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:74759/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:74533/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:73197/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:72744/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:71639/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:9184/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:19114/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:45401/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:33294/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:29287/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:28177/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:25865/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:24674/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:22481/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:19438/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:19345/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:33474/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:18654/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:18410/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:17647/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:17114/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:1549/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:15136/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:12797/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:11462/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:4118/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:45382/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:4514/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:44607/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:43774/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:42960/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:42806/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:42771/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:42504/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:41963/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:34409/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:39648/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:39047/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:3769/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:37345/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:36694/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:36395/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:36197/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:35677/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACAATGATAtt  >  1:28002/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTCACCAAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:72084/1‑62 (MQ=255)
aaaTCATCACTAACCTGGTAGGGAATGCAATTAAATTAACCGAGAATGGCAACATTGATAtt  >  1:82791/1‑62 (MQ=255)
                   |                                          
AAATCATCACTAACCTGGTGGGGAATGCAATTAAATTCACCGAGAATGGCAACATTGATATT  >  W3110S.gb/2914944‑2915005

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A