Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,917,196 T→A T282T (ACA→ACT)  gudD ← (D)‑glucarate dehydratase 1

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,917,1960TA100.0% 154.3 / NA 85T282T (ACA→ACT) gudD(D)‑glucarate dehydratase 1
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (85/0);  total (85/0)

GGCGATCATATTGGTTGCAGTCGGTAGACCTGTCGCGCGACGGAACTCTGCCATCACT  >  W3110S.gb/2917166‑2917223
                              |                           
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTtgcgcg                     >  1:50172/1‑39 (MQ=16)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTtgcgc                      >  1:82884/1‑38 (MQ=16)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGTGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:87370/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGa                >  1:19363/1‑44 (MQ=21)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCAc   >  1:13021/1‑57 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCAc   >  1:32469/1‑57 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCAc   >  1:38790/1‑57 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:69294/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:72130/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:69253/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:67063/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:66634/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:66431/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:66094/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:65504/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:64028/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:6265/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:61747/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:61124/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:59970/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:56742/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:54343/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:53937/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:53736/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:52141/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:80877/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:9810/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:9387/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:87933/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:87350/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:86507/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:84858/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:83920/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:83192/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:81686/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:6973/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:80115/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:77646/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:77357/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:76097/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:75035/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:74088/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:73257/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:48323/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:70514/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:20105/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:26622/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:26204/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:25508/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:23952/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:22259/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:22062/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:21436/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:20703/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:20278/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:27593/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:19978/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:19943/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:18076/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:17539/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:14589/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:14341/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:13203/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:11858/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:11625/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:39356/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:51072/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:10248/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:48158/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:47922/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:44318/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:44100/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:43708/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:41674/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:39994/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:51777/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:37154/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:35747/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:34104/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:33728/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:33336/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:32215/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:29743/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:29215/1‑58 (MQ=255)
ggCGATCATATTGGTTGCGGTCGGCAGGCCAGTTGCGCGACGGAACTCTGCCATCACt  >  1:28355/1‑58 (MQ=255)
                              |                           
GGCGATCATATTGGTTGCAGTCGGTAGACCTGTCGCGCGACGGAACTCTGCCATCACT  >  W3110S.gb/2917166‑2917223

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A