Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,939,420 G→A T160T (ACC→ACT)  ygdE ← predicted methyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,939,4200GA100.0% 139.5 / NA 77T160T (ACC→ACT) ygdEpredicted methyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (77/0);  total (77/0)

ACGGCGAATTATTGTTGCTGTATGAGTAACCGGTATAGCAGCAGCCTGGTGCAATAAAGAA  >  W3110S.gb/2939389‑2939449
                               |                             
aCGGCGATTTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:85209/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATagcaacagc                  >  1:8919/1‑45 (MQ=38)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATagca                       >  1:32318/1‑40 (MQ=38)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACCGCCTGGTGc           >  1:61117/1‑52 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:65167/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:56208/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:6496/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:63412/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:62413/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:61789/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:61387/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:61196/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:60286/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:5978/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:59254/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:58909/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:58004/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:58001/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:57352/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:56608/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:53081/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:76816/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:8843/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:88319/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:88057/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:83296/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:8254/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:82283/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:81004/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:77390/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:66347/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:76664/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:76094/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:72490/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:70864/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:69320/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:68607/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:68296/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:6710/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:19542/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:26629/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:26040/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:2513/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:24760/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:24535/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:24167/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:24071/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:22393/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:20779/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:10017/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:18322/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:16441/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:15514/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:13480/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:11892/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:10601/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:10464/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:10044/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:37945/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:53902/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:52286/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:51950/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:51862/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:51749/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:4266/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:4187/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:40442/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:40410/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:37485/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:34764/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:34470/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:34377/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:3128/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:29888/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:2846/1‑61 (MQ=255)
aCGGCGAATTATTGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGa   >  1:27757/1‑60 (MQ=255)
aCGGCGAATTATCGCTGCTGTATGAGTAACCAGTATAGCAACAGCCTGGTGCAATAAAGaa  >  1:2858/1‑61 (MQ=255)
                               |                             
ACGGCGAATTATTGTTGCTGTATGAGTAACCGGTATAGCAGCAGCCTGGTGCAATAAAGAA  >  W3110S.gb/2939389‑2939449

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A