Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,037,641 A→G H253H (CAT→CAC)  xerD ← site‑specific tyrosine recombinase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,037,6410AG100.0% 191.6 / NA 98H253H (CAT→CAC) xerDsite‑specific tyrosine recombinase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/98);  total (0/98)

CGTAAATCCGCACCATGATTTAATAAATGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGA  >  W3110S.gb/3037615‑3037676
                          |                                   
ctcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:35546/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACGATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:44474/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGTCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:60252/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGTGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:69766/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:59758/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:693/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:68923/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:67126/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:64266/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:62038/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:6139/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:60789/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:60295/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:69713/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:57821/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:57196/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:57047/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:56217/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:54008/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:53085/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:5277/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:51833/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:1214/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:50215/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:79553/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:88433/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:87249/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:86437/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:86078/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:85762/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:85415/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:84130/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:84104/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:81400/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:80711/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:80602/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:69669/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:78978/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:77645/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:77622/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:73916/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:71982/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:71731/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:71464/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:71201/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:70180/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:50303/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:23401/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:31600/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:49418/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:28414/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:27638/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:27193/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:27190/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:24993/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:24859/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:23639/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:2355/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:23423/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:2843/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:22239/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:22209/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:21749/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:21058/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:18899/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:18081/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:1708/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:16818/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:13255/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:1293/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:12221/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:37502/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:42281/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:41482/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:41125/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:40850/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:40634/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:39031/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:44129/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:36012/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:34441/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:32579/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:47132/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:32413/59‑1 (MQ=255)
cgcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:31981/59‑1 (MQ=255)
 gcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:47813/59‑1 (MQ=255)
 gcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:42994/59‑1 (MQ=255)
 gcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:42624/59‑1 (MQ=255)
 gcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:3173/59‑1 (MQ=255)
 gcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:83801/59‑1 (MQ=255)
 gcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:8148/59‑1 (MQ=255)
 gcaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:62212/59‑1 (MQ=255)
 gaaaaTCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:18132/59‑1 (MQ=255)
      tCCGCACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:86585/56‑1 (MQ=255)
          cACCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:37279/52‑1 (MQ=255)
           aCCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:54060/51‑1 (MQ=255)
           aCCATGATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:55412/51‑1 (MQ=255)
                gATTTAATAAGTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGa  <  1:31904/46‑1 (MQ=255)
                          |                                   
CGTAAATCCGCACCATGATTTAATAAATGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGA  >  W3110S.gb/3037615‑3037676

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A