Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,123,927 T→G E63D (GAA→GAC)  glcF ← glycolate oxidase iron‑sulfur subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,123,9270TG100.0% 136.1 / NA 70E63D (GAA→GAC) glcFglycolate oxidase iron‑sulfur subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (0/70);  total (0/70)

GAGGCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACTTCGTTGCCTTCCAGCACCTGTT  >  W3110S.gb/3123888‑3123949
                                       |                      
gagaCAGCGATCGGGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:36540/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:5982/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:43323/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:10332/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:44914/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:45635/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:49407/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:49885/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:51173/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:51232/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:53829/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:55935/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:56058/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:57894/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:59070/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:59811/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:44181/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:65393/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:65983/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:68720/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:71016/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:72450/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:73271/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:73586/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:74003/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:76358/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:78608/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:79008/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:80313/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:86335/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:88368/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:9422/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:19005/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:29958/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:42219/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:25424/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:25384/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:22707/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:20912/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:20844/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:1932/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:27827/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:18213/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:18175/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:17330/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:16333/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:14676/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:13072/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:11276/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:10920/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:37432/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:41815/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:41233/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:39956/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:39951/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:36945/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:36349/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:3624/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:35474/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:34369/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:30406/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCAAGCACCTGtt  <  1:82910/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGGCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:58212/62‑1 (MQ=255)
gagaCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGAGTGACGTCGTTTCCTTCAAGCACCTGtt  <  1:55329/62‑1 (MQ=255)
 agacAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:49601/58‑1 (MQ=255)
  gacAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:32548/58‑1 (MQ=255)
  gacAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:43693/58‑1 (MQ=255)
              gaTGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:81289/48‑1 (MQ=255)
                    ccTGTGTTTTAAGCGTGACGTCGTTGCCTTCCAGCACCTGtt  <  1:15529/42‑1 (MQ=255)
                        tgtTTTAAGCGTGTCGTCGTTGCCTTCCAGCACATGtt  <  1:49270/38‑1 (MQ=25)
                                       |                      
GAGGCAGCGATCGAGATGCTCCTGTGTTTTAAGCGTGACTTCGTTGCCTTCCAGCACCTGTT  >  W3110S.gb/3123888‑3123949

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A