Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,259,620 A→G D485D (GAT→GAC)  tdcE ← pyruvate formate‑lyase 4/2‑ketobutyrate formate‑lyase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,259,6200AG100.0% 152.5 / NA 78D485D (GAT→GAC) tdcEpyruvate formate‑lyase 4/2‑ketobutyrate formate‑lyase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/78);  total (0/78)

TGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGCACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGATCG  >  W3110S.gb/3259562‑3259623
                                                          |   
tGTAGTTAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:57729/62‑1 (MQ=25)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTAGCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:73158/62‑1 (MQ=21)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:65846/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:72850/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:71219/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:70157/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:69982/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:69301/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:68154/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:6808/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:67405/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:73194/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:65366/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:56154/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:55152/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:54710/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:5289/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:13507/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:51403/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:84916/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:9902/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:8988/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:887/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:87989/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:87974/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:87873/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:87486/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:87046/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:51459/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:84633/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:84240/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:83639/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:77517/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:75997/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:75733/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:74389/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:73359/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:23805/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:51240/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:2968/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:29250/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:2770/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:27586/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:26955/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:2686/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:25948/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:24913/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:30537/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:21685/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:21049/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:20725/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:19449/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:1836/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:17593/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:16727/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:16304/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:14163/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:33490/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:49040/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:48519/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:47657/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:472/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:4677/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:45647/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:44629/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:43524/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:431/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:38030/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:37551/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:37450/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:34265/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:3386/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:33171/62‑1 (MQ=255)
tGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCACGAAGTGGTCg  <  1:43521/62‑1 (MQ=25)
tGTAGTGAATGATATTCAGAGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:83291/62‑1 (MQ=21)
 gTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:65682/61‑1 (MQ=255)
 gTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:85737/61‑1 (MQ=255)
 gTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGAACTGTACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGGTCg  <  1:68195/61‑1 (MQ=25)
                                                          |   
TGTAGTGAATGATATTCAGCGCGCTGATGTACTGCACCGCCAGCCAGTCCATGAAGTGATCG  >  W3110S.gb/3259562‑3259623

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A