Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,303,153 G→C L270L (CTG→CTC)  yhbV → predicted protease

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,303,1530GC98.8% 165.7 / ‑5.5 86L270L (CTG→CTC) yhbVpredicted protease
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (1/0);  new base C (85/0);  total (86/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01

ACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGT  >  W3110S.gb/3303116‑3303177
                                     |                        
actccTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:53237/4‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTccc                        >  1:61489/1‑40 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTccc                        >  1:40770/1‑40 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:64849/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCg                       >  1:66452/1‑41 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACt    >  1:26660/1‑60 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTg   >  1:73628/1‑61 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTg   >  1:85655/1‑61 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:61685/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:70684/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:66398/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:65895/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:6589/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:48950/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:6477/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:63175/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:54589/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:59084/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:5472/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:58357/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:57785/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:57247/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:56429/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:55749/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:54771/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:8206/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:9899/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:87965/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:87195/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:86063/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:85530/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:85049/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:84848/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:84053/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:83163/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:6837/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:80448/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:80428/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:80215/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:76077/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:75976/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:74612/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:7187/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:71278/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:46978/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:20931/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:47891/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:2810/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:26741/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:24566/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:2451/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:24164/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:24122/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:21906/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:21794/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:28596/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:20617/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:18588/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:17872/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:15796/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:13602/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:13093/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:12791/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:12620/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:12423/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:40943/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:12223/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:468/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:46770/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:45895/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:45597/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:45100/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:43620/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:4300/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:41368/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:2901/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:3923/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:35375/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:35162/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:34170/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:33185/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:31785/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:31544/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:3098/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:29314/1‑62 (MQ=255)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACAACTCCCGTTg                    >  1:19075/1‑44 (MQ=38)
aCGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACAACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:2558/1‑62 (MQ=255)
aCGCCCTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTCCCGTTGACGGCAAACAGCGACTGt  >  1:2056/1‑62 (MQ=255)
                                     |                        
ACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGT  >  W3110S.gb/3303116‑3303177

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A