Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,386,681 G→T R455R (CGA→AGA)  aaeB ← p‑hydroxybenzoic acid efflux system component

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,386,6810GT100.0% 132.2 / NA 71R455R (CGA→AGA) aaeBp‑hydroxybenzoic acid efflux system component
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (71/0);  total (71/0)

ATAATATTTATGGTGCTGGCCAGTGCCCCCATCGAGCCCAGTCGCCGTTTCTGTACTTCTATA  >  W3110S.gb/3386638‑3386700
                                           |                   
ataatgTTTATGGTGCTGTCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:1839/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGt                 >  1:82502/1‑48 (MQ=21)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGt           >  1:72286/1‑54 (MQ=25)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACt        >  1:30055/1‑57 (MQ=37)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:66093/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:70692/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:70353/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:69426/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:68899/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:6678/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:6655/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:66322/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:72822/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:65186/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:64005/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:63850/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:59643/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:59419/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:59350/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:10303/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:71936/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:57338/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:74286/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:74985/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:75426/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:76821/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:77764/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:80426/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:81415/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:81656/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:83336/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:84475/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:85873/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:87033/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:88009/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:22052/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:37229/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:55818/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:33000/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:28401/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:26382/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:25635/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:226/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:22346/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:35028/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:19692/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:19226/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:1824/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:17389/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:14530/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:12921/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:10383/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:38864/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:51725/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:50789/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:50101/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:48606/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:48396/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:4704/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:45660/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:42719/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:41563/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:41285/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:40101/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:39291/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:37913/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCta    >  1:74075/1‑61 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCta    >  1:1916/1‑61 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCta    >  1:62152/1‑61 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAACG‑CCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtata  >  1:5924/1‑62 (MQ=255)
ataatgTTTATGGTGCTGGCCAAAGCCCCCATCGAGCCCAATCTCCGTTTCTGTACTTCtat   >  1:73771/1‑62 (MQ=255)
                                           |                   
ATAATATTTATGGTGCTGGCCAGTGCCCCCATCGAGCCCAGTCGCCGTTTCTGTACTTCTATA  >  W3110S.gb/3386638‑3386700

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A