Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,487,258 A→G V281V (GTA→GTG)  yijP → conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,487,2580AG100.0% 141.5 / NA 76V281V (GTA→GTG) yijPconserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (76/0);  total (76/0)

CCGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTAGTTAC  >  W3110S.gb/3487202‑3487263
                                                        |     
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGtt    >  1:61956/1‑60 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:54332/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:62058/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:42968/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:61388/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:43740/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:39559/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:23893/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:47293/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:81775/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:84226/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:84410/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:12177/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTa   >  1:5465/1‑61 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:67282/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:64006/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:65059/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:6319/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:62992/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:62115/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:58457/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:55759/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:54667/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:73989/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:9922/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:9281/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:8685/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:83871/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:81050/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:78868/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:78504/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:77441/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:66084/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:73559/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:71478/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:70951/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:7009/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:68879/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:68160/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:51880/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:66341/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:24730/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:30750/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:30597/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:28323/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:2822/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:2809/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:27458/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:25535/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:25041/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:51994/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:23840/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:23234/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:22844/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:22098/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:20669/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:1672/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:15608/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:31169/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:53816/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:50812/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:46730/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:43915/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:43681/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:42618/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:42146/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:42074/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:42027/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:39807/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:3826/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:38204/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:34058/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:31147/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGAGGTTAc  >  1:14973/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCATGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:65157/1‑62 (MQ=255)
ccGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACAGTGTTTAATAACGTGGTTAc  >  1:40574/1‑62 (MQ=255)
                                                        |     
CCGGAGCTGGATGCGCTGCATAAAACCGATCCGAATCTGACCGTGTTTAATAACGTAGTTAC  >  W3110S.gb/3487202‑3487263

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A